استان خراسان جنوبی، دارای ۱۱ شهرستان، ۲۵ بخش، ۶۱ دهستان و ۲۸ شهر است.

در سال ۱۳۱۶ طبق قانون تقسیمات کشوری و تشکیل استانها و شهرستانها، ولایت قاینات «شهرستان بیرجند» نام گرفت و یکی از هفت شهرستان استان نهم (خراسان) شد و شهر بیرجند به عنوان مرکز این شهرستان تعیین گردید. [۸]

در سال ۱۳۵۸، بخش قائنات از این شهرستان جدا شد و به صورت شهرستان درآمد. همچنین در سال ۱۳۶۸، بخش نهبندان جدا شده و به شهرستان تبدیل شد.[۹] در سال ۱۳۸۱بخش سربیشه [۸] و در سال ۱۳۸۴ بخش درمیان نیز به شهرستان ارتقا یافته و از شهرستان بیرجند جدا شدند. همچنین در آخرین تقسمات کشوری در سال 1390 بخش خوسف از این شهرستان جدا شد.

در حال حاضر این شهرستان دارای یک بخش، ۶ دهستان و ۱ نقطه شهری است.